Conda 安装R

一路回车加Yes即可

Please, press ENTER to continue
>>> 
# 此处直接点击enter即可

===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......
# 这里点击好几次空格键，直到出现下面行

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes，点击enter
# 如果输入错误，比如输入yess，又删除不了，此时你应该按enter,重新输入yes即可

[/home/you/miniconda2] >>> 
# 遇到此处时，直接enter即可
# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径

installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes
# 刚开始学的人最好输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量
# 输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下：
# added by Miniconda2 4.5.12 installer
.......

Thank you for installing Miniconda2!
# 出现这个代表安装成功

# 执行下面语句
source ~/.bashrc
# 执行后，本身就是没有任何提示

conda --help
# 出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功
# 这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！
# 如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:
......

# 继续调取conda子命令的帮助文档，如
conda create --help
conda install --help

配置源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

如果提示
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url
下载时间过长，会自动断开，就会提示连接失败，设置延时1000s，如果还是不行的话就设置2000s。
conda config --set remote_read_timeout_secs 1000.0

将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功；配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！

conda info --envs # 查看环境
conda create -n myenv  # 创建一个环境

source activate myenv  # 激活进入 myenv环境

conda deactivate # 退出当前环境
conda env remove --name myenv # 移除环境
conda info --envs # 查看环境
conda create -n R3.5  # 创建名为R3.5的环境
source activate R3.5  
conda list            #查看当前安装的软件
conda install r-base #安装R语言
conda install r-stringi # R包 以 r- 开头 
conda deactivate # 退出当前环境
conda create -n rna
# 创建一个小环境名为rna

conda install python=2
# 安装python 2版本
# 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2

conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 都是来查看已经存在小环境名的

# 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名

$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/you/miniconda2
rna                      /home/you/miniconda2/envs/rna

创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。

source activate rna：激活小环境名为rna的环境

本文参照于

评论 (0)